의뢰인은 수도권 밖 산업단지로 공장을 이전(또는 신설)하여 사업을 영위해 온 ○○ 제약 주식회사입니다. 의뢰인은 조세특례제한법상 '수도권 외 지역으로의 공장 이전·신설에 따른 법인세 세액감면' 규정에 따라 일정 기간 법인세를 감면받았습니다.

당시 법인지방소득세는 법인세 산출세액을 과세표준으로 하여 계산되었으므로, 의뢰인은 법인세가 감면되면 그에 연동하여 법인지방소득세도 감면된다고 보아 그에 맞추어 세액을 신고·납부해 왔습니다. 이에 따라 의뢰인은 과다 납부한 법인지방소득세에 대하여 관할 구청장(과세관청)에게 경정청구를 하였습니다.

그러나 과세관청은, 2014년 지방세법 개정으로 법인지방소득세가 종전 법인세의 부가세(附加稅) 형태에서 벗어나 독립세로 전환되었으므로 2014년 이후 사업연도분부터는 개정 지방세법이 적용되어야 하고, 현행 지방세특례제한법에는 위와 같은 세액감면 규정이 없다는 이유로 경정청구를 거부하는 처분을 하였습니다.

이에 의뢰인은 위 경정거부처분이 위법하다며 그 취소를 구하는 행정소송을 제기하였습니다. 이 사건의 핵심 쟁점은, 법인세 감면에 연동하여 법인지방소득세도 감면되어야 하는지, 그리고 2014년 지방세법 개정 전에 이미 공장 이전을 완료한 의뢰인의 신뢰가 보호되어야 하는지 여부였습니다.



○ 조세특례제한법 제63조의2 제1항

수도권 외의 지역으로 공장시설을 갖추고 사업을 하기 위하여 본점 또는 주사무소를 이전하는 등의 경우 일정 기간 법인세를 감면한다(과세연도 종료 시 법인세의 일정 비율 상당의 세액 감면).

○ 구 지방세법 제85조 등(법인지방소득세의 과세표준 및 세율)

'지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 종전과 같다', '법인세분'은 법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 한다는 등의 규정.

○ 구 지방세특례제한법 제15조(개정 전의 것, '이 사건 경과규정')

지방세 부과(2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것)에 관하여는 종전의 규정에 따른다.



법무법인 시우는 원고 회사를 대리하여, 법인세 감면 효과가 법인지방소득세에도 미쳐야 한다는 점을 법령 체계와 신뢰보호의 관점에서 정밀하게 주장하였습니다.

시우는 법인지방소득세가 본래 법인세를 과세표준으로 하여 산정되어 온 점, 그리고 2014년 지방세법 개정 전에 이미 의뢰인이 공장 이전을 완료하여 법인세 감면 요건을 갖추었던 점을 강조하였습니다. 특히 의뢰인은 법 개정 전부터 법인세 감면에 연동하여 법인지방소득세도 감면된다는 신뢰를 형성하고 그에 따라 세액을 신고·납부해 온 것이므로, 개정 지방세법을 들어 그 감면을 부정하는 것은 의뢰인의 정당한 신뢰를 침해하는 것임을 적극적으로 변론하였습니다.

이를 통해 시우는, 법 개정 전에 이미 이전을 완료한 의뢰인에 대해서는 종전 규정에 따른 감면의 신뢰가 보호되어야 하므로 과세관청의 경정거부처분이 위법하다는 점을 입증하였습니다.



법원은 의뢰인(원고)의 주장을 받아들여, 과세관청이 한 법인지방소득세 경정거부처분을 모두 취소하고, 소송비용도 과세관청이 부담하도록 판결하였습니다. 의뢰인은 과다 납부한 법인지방소득세를 돌려받을 수 있게 되었습니다.